在慈运理的建议之下，苏黎世人积极备战。此时，苏黎世政权在宗改阵营内已达到最高地位，被新教各城邦公认是瑞士宗改运动的政治首都。瑞士各城邦权力的核心是市民自治的议会，慈运理的新教领袖地位在给他带来巨大声望和权力的同时，也带来了极大的质疑。尤其是新教改革派同盟“基公联”内部分歧严重，对慈运理的战争号召不以为然。
就在苏黎世将要展开军事行动之际，伯尔尼教会派了一个代表团抵达苏黎世，规劝苏黎世以和平的方式来解决问题。
代表团的负责人之一正是伯尔尼宗改的先驱、诗人画家兼政治家克劳斯·曼努埃尔。曼努埃尔试图说服慈运理不要轻举战事，他说如果苏黎世向五国联盟发动攻击的话，伯尔尼会承受很大的军事威胁，伯尔尼的南翼与天主教所属的瓦莱州(Wallis)和萨伏依公国相接壤，那里的情况尤其危险，他也对苏黎世方面说“长矛和刀剑无法带来真信仰”。但慈运理却回答道：“你们现在所要的和平，只会在将来带来更大的战争。而我现在所要的战争，却会带来持久的和平！”
苏黎世方面心意已决，放言即使得不到同盟州的支持，苏黎世仍会独自行动。伯尔尼没了折，只好勉强跟进。
1529年6月8日，苏黎世组织了一支约3万人的军队，向“五国同盟”宣战。这时的“五国同盟”已被奥地利抛弃，失去外援，部队规模总共不到9千人。
当苏黎世和伯尔尼联军进驻到卡佩尔附近时，五国同盟慌了手脚，居然想方设法请到了一位叫汉斯·埃布利(Hans Aebli)的人向苏黎世方面说情，要求谈判休战。这个人据说是慈运理的亲戚。慈运理同意谈判，他说，休战可以，但是五国同盟必须同意如下五条休战条款：第一，“基盟”必须解散；第二，改革派的新教传教士可以自由出入天主教的同盟州；第三，禁止养老保险制度；第四，支付战争赔款；第五，支付赔偿金给那名被施火刑的新教传教士的家属和孩子。
就以上条款，双方派人进行磋商。伯尔尼方面由曼努埃尔亲自参加谈判。在谈判过程中，曼努埃尔没有坚持第二条和第三条。五国同盟方面只是答应从此不跟奥地利结盟。在谈判结果出来之后，慈运理大失所望。这也表明，在新教改革派同盟之中，慈运理的影响和声望已经开始走下坡路了。
不管怎样，战争好歹在6月24日无疾而终，没有硝烟，没有流血，大家都为这样的和平结局额手称庆。后世将这场战争称为“第一次卡佩尔战争”。仅仅过了两年，“第二次卡佩尔战争”就爆发了。作为瑞士宗改的灵魂人物，慈运理这时却离开苏黎世，参加了第二次卡佩尔战争，但他没有想到自己此去竟然会是壮士一去不复返，他从此再也无法回到苏黎世。
那么，“第二次卡佩尔战争”是如何爆发的呢？
其实慈运理在马尔堡会议与路德谈崩之后，他就梦想为宗改运动组织更强大的政治同盟，以期用政治和军事手段将他的宗改运动推出苏黎世，走向整个欧洲。为实现这一宏愿，他采取了“联合一切可以联合的力量”这一策略。他先将他的目标转向与德国黑森伯爵腓力一世这位曾赞助马尔堡会议的东道主，想与之结盟。他积极地联络腓力，可是伯尔尼拒绝参加这样的结盟。经过漫长的努力后，苏黎世、巴赛尔、斯特拉斯堡与腓力在1530年11月签定了共同防御条约。在与腓力联络的同时，慈运理也亲自与法国的外交代表交涉，希望与法国结盟。但双方的意见分歧太大。法国方面希望与“五国同盟”继续保持良好的关系。于是，慈运理又尝试与意大利方面的威尼斯和米兰结盟，结果也失败了。
也就在1530年，当慈运理在为组织政治联盟而努力的时候，神罗帝国皇帝查理五世为了要解决信仰问题，也在那一年邀请新教各派前往奥格斯堡国会提出自己的信仰意见。
这次奥格斯堡会议，我们在前面介绍路德时就已经说过了。如果看官您没有忘记的话，你一定还记得梅兰希通在路德的指示下写了教会历史上有名的《奥格斯堡信仰宣言》28条。
与此相呼应，在马丁·布塞尔的领导下，斯特拉斯堡、康斯坦茨、梅明根(Memmingen)和林道(Lindau)等几个德国城市宣布了他们的《斯特拉斯堡信条》(Strasbourg Confession)，虽说该信条是基于慈运理派神学思想的整合，但实质上，它是采取了介于马丁路德和慈运理之间的中间立场。
而慈运理自己领导的“基公联”的城邦却未能抽出时间来商量形成他们自己的信条，不过，慈运理本人发表了自己个人的信仰告白《信心与理性》(Fidei ratio)，这是以使徒信经为基础的十二篇系列文章。在文中，慈运理对天主教和路德派都进行了态度强硬的抨击。路德派对此大为不满，但只是私下批评慈运理，没有公开地回应他。慈运理和路德共同的老对手约翰·埃克却写了一本书反驳慈运理，并将此书提交给查理五世公布于世。
1530年末，黑森伯爵腓力一世成立了施马尔卡尔登联盟(Schmalkaldischer Bund)，目的是想将神罗帝国中信仰路德派的诸侯组成军事防御联盟。原来宣告《斯特拉斯堡信条》的四个德国城邦先后加入了施马尔卡尔登联盟，后来他们都承认以路德派的《奥格斯堡信仰宣言》为其主要信条。由于该联盟的加入条件比较宽松，苏黎世、巴塞尔、伯尔尼原本都考虑加入。但慈运理派的人无法接受《斯特拉斯堡信条》和《奥格斯堡信仰宣言》，慈运理更是写信严厉地拒绝了斯特拉斯堡宗改领袖布塞尔和卡皮托邀请慈运理派入盟的善意。这让腓力一世感到非常不悦，他最终决定切断联盟与慈运理的关系。这样，慈运理领导的“基公联”失去了所有的外部盟友。
由于在第一次卡佩尔战争中签订的和平条约中没有保障新教传教士在天主教城邦传教的权利，在慈运理的支持下，基公联以多种手段和方式对“五国同盟”施加压力，让他们必须做出保护新教传教士的承诺。巴塞尔和沙夫豪森认为应该以外交手段为主，苏黎世却想以军事手段解决，因为慈运理和利欧·尤德都主张对“五国同盟”发动攻击。最后，伯尔尼提出一个折衷的方案，得到了“基公联”各州的认可。1531年5月，苏黎世勉强同意只对“五国同盟”实行粮食封锁。但到了10月，“基公联”各州看到封锁的效果非常有限，伯尔尼决定撤销封锁，苏黎世则坚决维持封锁，“基公联”各州内部对此争论不休。
面对宗改阵营内部出现分裂倾向的同时，慈运理也隐隐地感到外部的威胁正在向苏黎世逼近，他已经嗅出一场新战争的火药味，于是严厉警告苏黎世人早做备战准备，以防“五国同盟”的军事突袭。但是，慈运理的独裁作风也逐渐被苏黎世人厌恶，以他为首的主战派的权威遭到了极大质疑，苏黎世人把他的警告当成耳旁风，再也不想听进去。
1531年10月9日，“五国同盟”果然采取了军事行动，他们决定先下手为强，出其不意地对苏黎世开战。“五国同盟”组织了约8000人的远征军，迅速地从楚格州向北开拔，又迅速地逼近上次战争的起点卡佩尔。
10月11日，苏黎世布署在卡佩尔附近的3500人部队遭遇到“五国同盟”两倍于己的主力部队的进攻。苏黎世城接到卡佩尔驻军的紧急求援信后，才仓促组织人马增援卡佩尔。市议会中反慈运理的势力竭力拖延军事决策，很晚才发布总动员令，结果仅仅征募到800人。军备物资和补给也非常糟糕，每100到125人才配有一门火枪。因为缺乏马匹、马车，根本无法将大炮及时地运送到前线。大部分人作战的武器仅是刀剑、战斧和战戟。原本苏黎世尚有1400名士兵可供调遣，但他们被作为警戒力量分散驻防到其它要道。伯尔尼的盟军也迟迟未有回应。
尽管军事组织仓促、人员不足，这支800人的援军也只能在第二天中午紧急开拔，包括慈运理在内的多名新教牧师都随军上了卡佩尔前线。可是，战斗持续不到一小时，苏黎世军队已经阵亡500多人。兵败如山倒，战斗变成了“五国同盟”对苏黎世军队一边倒的大屠杀。
在付出惨重代价后，苏黎世人拚着老命抢回了军旗，狼狈地撤出战场，总算保存了一点颜面，但1/4的瑞士新教战士和10多名新教牧师已长眠在战场上。天主教“五国同盟”的军队在打扫战场时，对于那些少数重伤未死的苏黎世士兵进行补刀。
在这些重伤未死的人中，就有在战斗中被对方的投石兵击倒在地的慈运理。“五国同盟”的一个士兵在清理战场的死人堆中发现了垂死的慈运理，他举着战戟指着慈运理问道：“你就要死了，你要我叫一位神甫来好向他忏悔吗？”
慈运理睁圆怒目，不做回答。
士兵不耐烦了，举着战戟又问了一次：“你要叫神甫来向他忏悔吗？”
慈运理仍不理睬，只是双手紧握在一起，睁大眼睛轻声祷告，然后对那士兵说：“你可以杀害我的身体，但你杀害不了我的灵魂。”
这时，一名气极败坏的上尉赶上前来，把那士兵推开：“你跟这死人废什么话？”
他夺过那士兵的战戟，一下刺穿了慈运理的心脏。
代表团的负责人之一正是伯尔尼宗改的先驱、诗人画家兼政治家克劳斯·曼努埃尔。曼努埃尔试图说服慈运理不要轻举战事，他说如果苏黎世向五国联盟发动攻击的话，伯尔尼会承受很大的军事威胁，伯尔尼的南翼与天主教所属的瓦莱州(Wallis)和萨伏依公国相接壤，那里的情况尤其危险，他也对苏黎世方面说“长矛和刀剑无法带来真信仰”。但慈运理却回答道：“你们现在所要的和平，只会在将来带来更大的战争。而我现在所要的战争，却会带来持久的和平！”
苏黎世方面心意已决，放言即使得不到同盟州的支持，苏黎世仍会独自行动。伯尔尼没了折，只好勉强跟进。
1529年6月8日，苏黎世组织了一支约3万人的军队，向“五国同盟”宣战。这时的“五国同盟”已被奥地利抛弃，失去外援，部队规模总共不到9千人。
当苏黎世和伯尔尼联军进驻到卡佩尔附近时，五国同盟慌了手脚，居然想方设法请到了一位叫汉斯·埃布利(Hans Aebli)的人向苏黎世方面说情，要求谈判休战。这个人据说是慈运理的亲戚。慈运理同意谈判，他说，休战可以，但是五国同盟必须同意如下五条休战条款：第一，“基盟”必须解散；第二，改革派的新教传教士可以自由出入天主教的同盟州；第三，禁止养老保险制度；第四，支付战争赔款；第五，支付赔偿金给那名被施火刑的新教传教士的家属和孩子。
就以上条款，双方派人进行磋商。伯尔尼方面由曼努埃尔亲自参加谈判。在谈判过程中，曼努埃尔没有坚持第二条和第三条。五国同盟方面只是答应从此不跟奥地利结盟。在谈判结果出来之后，慈运理大失所望。这也表明，在新教改革派同盟之中，慈运理的影响和声望已经开始走下坡路了。
不管怎样，战争好歹在6月24日无疾而终，没有硝烟，没有流血，大家都为这样的和平结局额手称庆。后世将这场战争称为“第一次卡佩尔战争”。仅仅过了两年，“第二次卡佩尔战争”就爆发了。作为瑞士宗改的灵魂人物，慈运理这时却离开苏黎世，参加了第二次卡佩尔战争，但他没有想到自己此去竟然会是壮士一去不复返，他从此再也无法回到苏黎世。
那么，“第二次卡佩尔战争”是如何爆发的呢？
其实慈运理在马尔堡会议与路德谈崩之后，他就梦想为宗改运动组织更强大的政治同盟，以期用政治和军事手段将他的宗改运动推出苏黎世，走向整个欧洲。为实现这一宏愿，他采取了“联合一切可以联合的力量”这一策略。他先将他的目标转向与德国黑森伯爵腓力一世这位曾赞助马尔堡会议的东道主，想与之结盟。他积极地联络腓力，可是伯尔尼拒绝参加这样的结盟。经过漫长的努力后，苏黎世、巴赛尔、斯特拉斯堡与腓力在1530年11月签定了共同防御条约。在与腓力联络的同时，慈运理也亲自与法国的外交代表交涉，希望与法国结盟。但双方的意见分歧太大。法国方面希望与“五国同盟”继续保持良好的关系。于是，慈运理又尝试与意大利方面的威尼斯和米兰结盟，结果也失败了。
也就在1530年，当慈运理在为组织政治联盟而努力的时候，神罗帝国皇帝查理五世为了要解决信仰问题，也在那一年邀请新教各派前往奥格斯堡国会提出自己的信仰意见。
这次奥格斯堡会议，我们在前面介绍路德时就已经说过了。如果看官您没有忘记的话，你一定还记得梅兰希通在路德的指示下写了教会历史上有名的《奥格斯堡信仰宣言》28条。
与此相呼应，在马丁·布塞尔的领导下，斯特拉斯堡、康斯坦茨、梅明根(Memmingen)和林道(Lindau)等几个德国城市宣布了他们的《斯特拉斯堡信条》(Strasbourg Confession)，虽说该信条是基于慈运理派神学思想的整合，但实质上，它是采取了介于马丁路德和慈运理之间的中间立场。
而慈运理自己领导的“基公联”的城邦却未能抽出时间来商量形成他们自己的信条，不过，慈运理本人发表了自己个人的信仰告白《信心与理性》(Fidei ratio)，这是以使徒信经为基础的十二篇系列文章。在文中，慈运理对天主教和路德派都进行了态度强硬的抨击。路德派对此大为不满，但只是私下批评慈运理，没有公开地回应他。慈运理和路德共同的老对手约翰·埃克却写了一本书反驳慈运理，并将此书提交给查理五世公布于世。
1530年末，黑森伯爵腓力一世成立了施马尔卡尔登联盟(Schmalkaldischer Bund)，目的是想将神罗帝国中信仰路德派的诸侯组成军事防御联盟。原来宣告《斯特拉斯堡信条》的四个德国城邦先后加入了施马尔卡尔登联盟，后来他们都承认以路德派的《奥格斯堡信仰宣言》为其主要信条。由于该联盟的加入条件比较宽松，苏黎世、巴塞尔、伯尔尼原本都考虑加入。但慈运理派的人无法接受《斯特拉斯堡信条》和《奥格斯堡信仰宣言》，慈运理更是写信严厉地拒绝了斯特拉斯堡宗改领袖布塞尔和卡皮托邀请慈运理派入盟的善意。这让腓力一世感到非常不悦，他最终决定切断联盟与慈运理的关系。这样，慈运理领导的“基公联”失去了所有的外部盟友。
由于在第一次卡佩尔战争中签订的和平条约中没有保障新教传教士在天主教城邦传教的权利，在慈运理的支持下，基公联以多种手段和方式对“五国同盟”施加压力，让他们必须做出保护新教传教士的承诺。巴塞尔和沙夫豪森认为应该以外交手段为主，苏黎世却想以军事手段解决，因为慈运理和利欧·尤德都主张对“五国同盟”发动攻击。最后，伯尔尼提出一个折衷的方案，得到了“基公联”各州的认可。1531年5月，苏黎世勉强同意只对“五国同盟”实行粮食封锁。但到了10月，“基公联”各州看到封锁的效果非常有限，伯尔尼决定撤销封锁，苏黎世则坚决维持封锁，“基公联”各州内部对此争论不休。
面对宗改阵营内部出现分裂倾向的同时，慈运理也隐隐地感到外部的威胁正在向苏黎世逼近，他已经嗅出一场新战争的火药味，于是严厉警告苏黎世人早做备战准备，以防“五国同盟”的军事突袭。但是，慈运理的独裁作风也逐渐被苏黎世人厌恶，以他为首的主战派的权威遭到了极大质疑，苏黎世人把他的警告当成耳旁风，再也不想听进去。
1531年10月9日，“五国同盟”果然采取了军事行动，他们决定先下手为强，出其不意地对苏黎世开战。“五国同盟”组织了约8000人的远征军，迅速地从楚格州向北开拔，又迅速地逼近上次战争的起点卡佩尔。
10月11日，苏黎世布署在卡佩尔附近的3500人部队遭遇到“五国同盟”两倍于己的主力部队的进攻。苏黎世城接到卡佩尔驻军的紧急求援信后，才仓促组织人马增援卡佩尔。市议会中反慈运理的势力竭力拖延军事决策，很晚才发布总动员令，结果仅仅征募到800人。军备物资和补给也非常糟糕，每100到125人才配有一门火枪。因为缺乏马匹、马车，根本无法将大炮及时地运送到前线。大部分人作战的武器仅是刀剑、战斧和战戟。原本苏黎世尚有1400名士兵可供调遣，但他们被作为警戒力量分散驻防到其它要道。伯尔尼的盟军也迟迟未有回应。
尽管军事组织仓促、人员不足，这支800人的援军也只能在第二天中午紧急开拔，包括慈运理在内的多名新教牧师都随军上了卡佩尔前线。可是，战斗持续不到一小时，苏黎世军队已经阵亡500多人。兵败如山倒，战斗变成了“五国同盟”对苏黎世军队一边倒的大屠杀。
在付出惨重代价后，苏黎世人拚着老命抢回了军旗，狼狈地撤出战场，总算保存了一点颜面，但1/4的瑞士新教战士和10多名新教牧师已长眠在战场上。天主教“五国同盟”的军队在打扫战场时，对于那些少数重伤未死的苏黎世士兵进行补刀。
在这些重伤未死的人中，就有在战斗中被对方的投石兵击倒在地的慈运理。“五国同盟”的一个士兵在清理战场的死人堆中发现了垂死的慈运理，他举着战戟指着慈运理问道：“你就要死了，你要我叫一位神甫来好向他忏悔吗？”
慈运理睁圆怒目，不做回答。
士兵不耐烦了，举着战戟又问了一次：“你要叫神甫来向他忏悔吗？”
慈运理仍不理睬，只是双手紧握在一起，睁大眼睛轻声祷告，然后对那士兵说：“你可以杀害我的身体，但你杀害不了我的灵魂。”
这时，一名气极败坏的上尉赶上前来，把那士兵推开：“你跟这死人废什么话？”
他夺过那士兵的战戟，一下刺穿了慈运理的心脏。
19世纪瑞士艺术家Karl Jauslin的作品《慈运理之死》
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