在诺克斯与玛丽的初次交锋中，玛丽重弹“君权神授”的陈腔老调，鼓吹“无条件地顺服君王”是人民无可推诿的义务。实际上，诺克斯并不否认“君权神授”，但他也坚信：真信仰乃上帝所赐，如果君王违背上帝的旨意，人民不但不能盲目地顺服君王，而且可以废黜君王。
最初，诺克斯的宗改方针政策完全禀承加尔文思想的基本精神，他勉励基督徒“应为执政掌权的人祷告，为基督福音的自由传播祷告，为在各地受难的弟兄祷告”；对于企图反抗执政者的苏格兰贵族，诺克斯一开始也劝他们应当采取比较低调的做法：“我听见你们当中的风声，有人说在国中谋图反政府、发动叛乱。在这样的局面下，我的良心必须敬畏上帝、坚信他的真理，我对你们提出忠告，就是我的判断以及劝诫。我的意见是：你们这些希望增荣基督的人断不可忽然对现政权的合法行动存有敌意，也不可援助那些为世俗权力而作乱的自私之人。我藉着耶稣基督的慈悲劝谕你们，当以诚实守法的态度、忠勇和公开的信心跟随上帝，并要寻求现政府的谅解，这样你们所苦心经营的事，或可获得进展。最少，你们也不至于遭受迫害。”
但是，诺克斯不是僵化地墨守陈规，不是一昧地刻舟求剑，而是因时制宜，随机应变。他坚持只有当温和的方式也不能为执政者所接受时，才能采取强硬的态度，所以他又说：“在你们谦虚的请求之后，如果再不获谅解，你们就可公开地并严肃地声明，表示只有在不为上帝所厌恶的事情上你们才愿意服从政府。这样，你们虽走极端，也是合法的。那就是说，无论政府对你们所请求准许也好拒绝也好，基督的福音总要切实地被传开，而基督的圣礼也当在你们和你们的弟兄、以及国内人民中举行。不仅如此，你们依照法律，当尽力保护你们的弟兄，使之免于专制暴君的迫害，即便为此于与君王发生冲突，也在所不惜。”
诺克斯相信：“上帝不久必以公平的判断遏制此事，因为非但那些为基督耶稣的名前赴后继的殉道者和其他为基督受死者所流的血都要发出呼吁，以达与万军之主的圣听。等到一天，公平而公开的大报复将如怒涛一般倾泻于那些应受惩罚的人的身上。”
诺克斯一直深切盼望新教长老会与女王之间的紧张情势会有好转。然而不幸的是，当时的局势迫使他不得不采取强硬的态度。在对苏格兰当政者极度失望之余，他的祷告也从原本殷切期待上帝亲自使女王悔改，转为向上帝控诉女王及其走狗们的不义。他如此祷告：“主啊，兴起吧，叫你的仇敌蒙羞，叫那些恨恶你圣名的人都在你面前逃跑，让你囚徒的呻吟声达到你耳中，以你的能力保守那些已被判处死刑的人，不要让你的仇敌得胜到底，却叫他们知道他们是在抗拒你，求你保留及卫护你右手所栽的葡萄树，让万国都看见你受膏者的荣耀。主啊，急速兴起吧，勿再延迟！”
1562年3月，法国政府在天主教的支持下，对境内新教胡格诺派发动了“瓦西大屠杀”。玛丽女王的娘舅家族正是这场腥风血雨中的急先锋。噩耗传到苏格兰，长老会信徒感同身受，悲愤不已，除了为法国境内的新教同道急切祷告之外，他们强烈谴责法国政府和天主教教会的野蛮行径。
听到同样的消息，玛丽女王却感到欢欣鼓舞。为了表示喜庆的意思，她竟然不顾长老会的感受，下令在5月间举行大型的宫廷舞会，狂欢庆祝，醉宴群臣，她也想借着宴会之机聚合天主教的复辟势力。
发生了这些事情，诺克斯当然不能视若无睹。在随后的星期日讲道中，他严厉地抨击了法国屠杀新教徒的事件、严厉抨击了苏格兰王室人员的幸灾乐祸，特别地谴责玛丽的娘舅家族在法国的大屠杀行径，又提醒大家要警惕玛丽朝中正在暗中进行着的天主教的复辟企图。诺克斯说，假如贵族和平民继续屈服和盲从暴君或者拜偶像者玛丽女王的统治，他们将会受到上帝的诅咒与随之而来的惩罚，因为“上帝将不宽恕贵族，也不宽恕百姓”，而且“以同样的报复心”去惩处“君主、百姓和贵族，因为他们共同阴谋反对上帝和他的圣律”。
玛丽派出的密探把诺克斯的讲道做了笔记，然后呈给玛丽。
玛丽阅后，又是红颜大怒，再次将诺克斯召入宫中向他兴师问罪：“诺牧师，朕看了你在星期日的讲章。你的讲章言辞不敬，辱骂国家，尤其是对朕和朕的娘舅出言不逊。朕没有招你惹你，你为何如此满嘴跑车，信口胡言。你的所言难道不是污蔑朕身、犯上作乱？”
“万岁，你这是何从说起？我在星期日的讲道中，只是就法国和我们苏格兰的形势发表了一些真实的看法，我并没有指名道姓说任何人哪？你若不信，我把星期日所讲信息再给你讲一遍，你自己判断我的讲道内容有何不妥，行吗？”
“行啊，朕从不造谣，不传谣，也不信谣。反正今天朕没有什么要紧事情处理。那就给你半个时辰，你原汤原汁，从头道来。”
诺克斯于是借着这个机会，把他在星期日讲道的主要内容向玛丽重讲了一遍。听着诺克斯的讲道，玛丽心惊肉跳，可是表面上还得装得镇定自若。听完之后，她怎么也找不出茬子来。她抬手点了点身边的几位大臣们：“你，你，还有你，你们不是在星期天去听诺牧师的讲道了吗？那天他讲的跟今天讲的是一样的内容吗？”
那几位大臣抓耳挠腮，如实禀告：“万岁，诺牧师今天讲道的内容却是跟星期天讲的一样。以臣等所见，其中确也没有什么对您大不敬的内容。”
玛丽尴尬不已：“既然如此，一定是有人故意挑拨王室和长老会之间的良好关系，朕待会儿一定会仔细再察。诺牧师，看来这次是误会了。你素来对朕的娘舅说三道四，这个事情众所周知，朕也就不说什么了。其实，你若对朕有什么不满意的地方，不必在外面逢人便说，你尽管可以单独进宫来跟朕私聊，也可以专门给朕讲道。朕一贯思相开明，诺牧师你的话朕都愿意洗耳恭听。”
诺克斯看了看她，不冷不热地说：“你的娘舅一家在法国为虎作伥，勾结天主教残杀新教徒，可在此伤恸之际，万岁你却能在宫中大宴宾客，你觉得这样做是否合适呢？至于你想听我讲道，每个星期我都在教堂内公开讲道，我代表长老会欢迎你大驾光临。或者非要私下听道也行，时间地点都由你定。不过，单独进宫跟你私聊，恕难从命，毕竟男女有别，是吧？况且，我要牧养爱丁堡教会这么多的会众，工作如此繁忙，哪里有这么多的时间到宫中来专门伺候你呢？”
“你，你，你怎么对朕如此无礼？”玛丽碰了一个软钉子，又羞又恼，脸涨得通红。“朕好心好意请你进宫给朕讲道，你却不识好歹，不识体统！”
诺克斯见状，微笑了一下：“时间不早。万岁你休息吧，我这就告辞了。”
出宫门时，有几个卫士在那里暗暗嘀咕：“诺克斯这个人真是胆大。难道他不怕女王万岁龙颜大怒？他不怕万岁砍他的脑袋？”
诺克斯正好听见，笑呵呵地对那些卫士说：“实话告诉你们，我诺克斯这一辈子曾见过许多凶恶的脸孔，可是却从来没有畏惧过谁。你们可以把我的原话一字不改地禀报你们的女王。”卫士们都惊得瞠目结舌，无话可说。
玛丽虽然对诺克斯恨得牙根痒痒，但惧于诺克斯的崇高声望，她暂时不敢造次，只是暗中监视诺克斯，同时积极联络天主教复辟势力以图天主教的东山再起。一些天主教徒便有恃无恐，公然在各地开始举行弥撒。女王表面上假惺惺地发出命令制止他们举行弥撒的行为，实际上却私下支持他们。
最初，诺克斯的宗改方针政策完全禀承加尔文思想的基本精神，他勉励基督徒“应为执政掌权的人祷告，为基督福音的自由传播祷告，为在各地受难的弟兄祷告”；对于企图反抗执政者的苏格兰贵族，诺克斯一开始也劝他们应当采取比较低调的做法：“我听见你们当中的风声，有人说在国中谋图反政府、发动叛乱。在这样的局面下，我的良心必须敬畏上帝、坚信他的真理，我对你们提出忠告，就是我的判断以及劝诫。我的意见是：你们这些希望增荣基督的人断不可忽然对现政权的合法行动存有敌意，也不可援助那些为世俗权力而作乱的自私之人。我藉着耶稣基督的慈悲劝谕你们，当以诚实守法的态度、忠勇和公开的信心跟随上帝，并要寻求现政府的谅解，这样你们所苦心经营的事，或可获得进展。最少，你们也不至于遭受迫害。”
但是，诺克斯不是僵化地墨守陈规，不是一昧地刻舟求剑，而是因时制宜，随机应变。他坚持只有当温和的方式也不能为执政者所接受时，才能采取强硬的态度，所以他又说：“在你们谦虚的请求之后，如果再不获谅解，你们就可公开地并严肃地声明，表示只有在不为上帝所厌恶的事情上你们才愿意服从政府。这样，你们虽走极端，也是合法的。那就是说，无论政府对你们所请求准许也好拒绝也好，基督的福音总要切实地被传开，而基督的圣礼也当在你们和你们的弟兄、以及国内人民中举行。不仅如此，你们依照法律，当尽力保护你们的弟兄，使之免于专制暴君的迫害，即便为此于与君王发生冲突，也在所不惜。”
诺克斯相信：“上帝不久必以公平的判断遏制此事，因为非但那些为基督耶稣的名前赴后继的殉道者和其他为基督受死者所流的血都要发出呼吁，以达与万军之主的圣听。等到一天，公平而公开的大报复将如怒涛一般倾泻于那些应受惩罚的人的身上。”
诺克斯一直深切盼望新教长老会与女王之间的紧张情势会有好转。然而不幸的是，当时的局势迫使他不得不采取强硬的态度。在对苏格兰当政者极度失望之余，他的祷告也从原本殷切期待上帝亲自使女王悔改，转为向上帝控诉女王及其走狗们的不义。他如此祷告：“主啊，兴起吧，叫你的仇敌蒙羞，叫那些恨恶你圣名的人都在你面前逃跑，让你囚徒的呻吟声达到你耳中，以你的能力保守那些已被判处死刑的人，不要让你的仇敌得胜到底，却叫他们知道他们是在抗拒你，求你保留及卫护你右手所栽的葡萄树，让万国都看见你受膏者的荣耀。主啊，急速兴起吧，勿再延迟！”
1562年3月，法国政府在天主教的支持下，对境内新教胡格诺派发动了“瓦西大屠杀”。玛丽女王的娘舅家族正是这场腥风血雨中的急先锋。噩耗传到苏格兰，长老会信徒感同身受，悲愤不已，除了为法国境内的新教同道急切祷告之外，他们强烈谴责法国政府和天主教教会的野蛮行径。
听到同样的消息，玛丽女王却感到欢欣鼓舞。为了表示喜庆的意思，她竟然不顾长老会的感受，下令在5月间举行大型的宫廷舞会，狂欢庆祝，醉宴群臣，她也想借着宴会之机聚合天主教的复辟势力。
发生了这些事情，诺克斯当然不能视若无睹。在随后的星期日讲道中，他严厉地抨击了法国屠杀新教徒的事件、严厉抨击了苏格兰王室人员的幸灾乐祸，特别地谴责玛丽的娘舅家族在法国的大屠杀行径，又提醒大家要警惕玛丽朝中正在暗中进行着的天主教的复辟企图。诺克斯说，假如贵族和平民继续屈服和盲从暴君或者拜偶像者玛丽女王的统治，他们将会受到上帝的诅咒与随之而来的惩罚，因为“上帝将不宽恕贵族，也不宽恕百姓”，而且“以同样的报复心”去惩处“君主、百姓和贵族，因为他们共同阴谋反对上帝和他的圣律”。
玛丽派出的密探把诺克斯的讲道做了笔记，然后呈给玛丽。
玛丽阅后，又是红颜大怒，再次将诺克斯召入宫中向他兴师问罪：“诺牧师，朕看了你在星期日的讲章。你的讲章言辞不敬，辱骂国家，尤其是对朕和朕的娘舅出言不逊。朕没有招你惹你，你为何如此满嘴跑车，信口胡言。你的所言难道不是污蔑朕身、犯上作乱？”
“万岁，你这是何从说起？我在星期日的讲道中，只是就法国和我们苏格兰的形势发表了一些真实的看法，我并没有指名道姓说任何人哪？你若不信，我把星期日所讲信息再给你讲一遍，你自己判断我的讲道内容有何不妥，行吗？”
“行啊，朕从不造谣，不传谣，也不信谣。反正今天朕没有什么要紧事情处理。那就给你半个时辰，你原汤原汁，从头道来。”
诺克斯于是借着这个机会，把他在星期日讲道的主要内容向玛丽重讲了一遍。听着诺克斯的讲道，玛丽心惊肉跳，可是表面上还得装得镇定自若。听完之后，她怎么也找不出茬子来。她抬手点了点身边的几位大臣们：“你，你，还有你，你们不是在星期天去听诺牧师的讲道了吗？那天他讲的跟今天讲的是一样的内容吗？”
那几位大臣抓耳挠腮，如实禀告：“万岁，诺牧师今天讲道的内容却是跟星期天讲的一样。以臣等所见，其中确也没有什么对您大不敬的内容。”
玛丽尴尬不已：“既然如此，一定是有人故意挑拨王室和长老会之间的良好关系，朕待会儿一定会仔细再察。诺牧师，看来这次是误会了。你素来对朕的娘舅说三道四，这个事情众所周知，朕也就不说什么了。其实，你若对朕有什么不满意的地方，不必在外面逢人便说，你尽管可以单独进宫来跟朕私聊，也可以专门给朕讲道。朕一贯思相开明，诺牧师你的话朕都愿意洗耳恭听。”
诺克斯看了看她，不冷不热地说：“你的娘舅一家在法国为虎作伥，勾结天主教残杀新教徒，可在此伤恸之际，万岁你却能在宫中大宴宾客，你觉得这样做是否合适呢？至于你想听我讲道，每个星期我都在教堂内公开讲道，我代表长老会欢迎你大驾光临。或者非要私下听道也行，时间地点都由你定。不过，单独进宫跟你私聊，恕难从命，毕竟男女有别，是吧？况且，我要牧养爱丁堡教会这么多的会众，工作如此繁忙，哪里有这么多的时间到宫中来专门伺候你呢？”
“你，你，你怎么对朕如此无礼？”玛丽碰了一个软钉子，又羞又恼，脸涨得通红。“朕好心好意请你进宫给朕讲道，你却不识好歹，不识体统！”
诺克斯见状，微笑了一下：“时间不早。万岁你休息吧，我这就告辞了。”
出宫门时，有几个卫士在那里暗暗嘀咕：“诺克斯这个人真是胆大。难道他不怕女王万岁龙颜大怒？他不怕万岁砍他的脑袋？”
诺克斯正好听见，笑呵呵地对那些卫士说：“实话告诉你们，我诺克斯这一辈子曾见过许多凶恶的脸孔，可是却从来没有畏惧过谁。你们可以把我的原话一字不改地禀报你们的女王。”卫士们都惊得瞠目结舌，无话可说。
玛丽虽然对诺克斯恨得牙根痒痒，但惧于诺克斯的崇高声望，她暂时不敢造次，只是暗中监视诺克斯，同时积极联络天主教复辟势力以图天主教的东山再起。一些天主教徒便有恃无恐，公然在各地开始举行弥撒。女王表面上假惺惺地发出命令制止他们举行弥撒的行为，实际上却私下支持他们。
1563年4月，天主教圣安德鲁斯大主教约翰·汉密尔顿(John Hamilton)在玛丽的默许之下，宣布恢复弥撒仪式。这位汉密尔顿大主教正是苏格兰前摄政王詹姆斯·汉密尔顿的私生子。他胆敢违背苏格兰议会批准执行的《信仰宣言》，自然是仗着他跟王室的密切关系。
可是，长老会眼不揉沙，不能坐视天主教死灰复燃。在某一日汉密尔顿及其教徒在教堂内进行弥撒之际，长老会的民兵突然出击，将汉密尔顿等人抓了一个现行。
汉密尔顿被捕之后，玛丽女王极为愤怒：“堂堂的苏格兰大主教竟然被长老会关进监狱，正是太欺负人了。来人，宣诺克斯进宫，就说朕要请他吃晚餐！”
很快，诺克斯第三次来见玛丽。
这一次，玛丽摆下了丰盛的佳馔，她请诺克斯边吃边聊，态度极为诚恳，假装推心置腹地与诺克斯谈笑风声。
用完晚餐之后，玛丽的话儿就扯到汉密尔顿被捕之事上来了：“诺牧师啊，你看今天天气特好、气氛特好、餐饮特好、我们谈得也特好、朕的心情也特好。朕想跟你商量个事儿。据说汉密尔顿大主教因为举行弥撒这件小事就被你们长老会的人拘捕了。做个弥撒、搞个传统的崇拜仪式，你们也没有必要如此小题大作吧？大家都要彼此尊重对方的宗教信仰自由，你们不要干扰当地天主教徒的敬拜嘛。依朕之见，你就跟长老会的人打个招呼。将大主教放行送回吧。”
诺克斯知道玛丽不安什么好心，不会这么有空请他吃饭，玛丽这一下的图穷匕见他早就意料到了：“万岁，这不是什么信仰自由不自由的问题。你知道，我们苏格兰议会在数年前就通过了执行《信仰宣言》的议案，明文规定废除弥撒，违者以刑论处。大主教知法犯法，恐怕难辞其咎。况且，我也没有权力赦免其罪。”
玛丽有点不高兴了：“执法本是一国君王的权力。你们长老会擅自执法，你难道允许他们手持着朕的宝剑来行使本该由朕履行的执法之权吗？”
“万岁，此言差矣。”诺克斯道：“公义之剑属于上帝，上帝赐它给君王，也给诸侯和官员。倘若君王逾越界限、任意妄为、姑息恶人、迫害无辜，下级官员出于敬畏上帝仍然按照上帝的命令恪尽职守秉公执法，那么这些做法当然不是得罪上帝。长老会不过是依法办事，况且议会也曾授权他们在自己领地内有执法权。建议万岁你慎重对待你和臣民之间的契约，假如你不向他们提供应该提供的保护，也不授权他们秉公执法的权力，那你也不要指望臣民会对你表示臣服。那汉密尔顿明知故犯，还敢顶风作案，莫非是你在背后给他撑腰？”
听了这话，玛丽再也不想谈下去了，只能假笑两声：“朕怎么可能为汉密尔顿撑腰？诺牧师你又误会了。汉密尔顿的事，我们以后再谈。你请回吧。”
望着诺克斯远去的背影，玛丽恶狠狠地瞪了几眼，她知道，诺克斯的立场不会因为她的示好而软化，若要复辟天主教仍需从长计议。
既然女王的复辟野心已经昭然若揭，诺克斯此时也别无选择，只能抛弃幻想。他向苏格兰的贵族各界人士和平民百姓发出呼吁，强调“每个人在自己的岗位上都有责任宣讲真信仰，有义务纠正和制止国王一切有悖于上帝之言论和荣耀的行径。”他又说：“虽然我们必须服从我们的国王，不管他们是好是坏，因为上帝是这样命令的。但是，报复将是可怕的，他将降临到亵渎上帝圣名和法令的人的头上。如果有人说上帝已命令他们必须服从不虔诚的国王，这简直是在说上帝透过他的告诫成了一切罪过的制造者和维护者，这是对上帝的亵渎。”
两个月过去了，诺克斯突然听到了一则消息：玛丽女王正在试图再婚，连结婚对象都找好了。
可是，长老会眼不揉沙，不能坐视天主教死灰复燃。在某一日汉密尔顿及其教徒在教堂内进行弥撒之际，长老会的民兵突然出击，将汉密尔顿等人抓了一个现行。
汉密尔顿被捕之后，玛丽女王极为愤怒：“堂堂的苏格兰大主教竟然被长老会关进监狱，正是太欺负人了。来人，宣诺克斯进宫，就说朕要请他吃晚餐！”
很快，诺克斯第三次来见玛丽。
这一次，玛丽摆下了丰盛的佳馔，她请诺克斯边吃边聊，态度极为诚恳，假装推心置腹地与诺克斯谈笑风声。
用完晚餐之后，玛丽的话儿就扯到汉密尔顿被捕之事上来了：“诺牧师啊，你看今天天气特好、气氛特好、餐饮特好、我们谈得也特好、朕的心情也特好。朕想跟你商量个事儿。据说汉密尔顿大主教因为举行弥撒这件小事就被你们长老会的人拘捕了。做个弥撒、搞个传统的崇拜仪式，你们也没有必要如此小题大作吧？大家都要彼此尊重对方的宗教信仰自由，你们不要干扰当地天主教徒的敬拜嘛。依朕之见，你就跟长老会的人打个招呼。将大主教放行送回吧。”
诺克斯知道玛丽不安什么好心，不会这么有空请他吃饭，玛丽这一下的图穷匕见他早就意料到了：“万岁，这不是什么信仰自由不自由的问题。你知道，我们苏格兰议会在数年前就通过了执行《信仰宣言》的议案，明文规定废除弥撒，违者以刑论处。大主教知法犯法，恐怕难辞其咎。况且，我也没有权力赦免其罪。”
玛丽有点不高兴了：“执法本是一国君王的权力。你们长老会擅自执法，你难道允许他们手持着朕的宝剑来行使本该由朕履行的执法之权吗？”
“万岁，此言差矣。”诺克斯道：“公义之剑属于上帝，上帝赐它给君王，也给诸侯和官员。倘若君王逾越界限、任意妄为、姑息恶人、迫害无辜，下级官员出于敬畏上帝仍然按照上帝的命令恪尽职守秉公执法，那么这些做法当然不是得罪上帝。长老会不过是依法办事，况且议会也曾授权他们在自己领地内有执法权。建议万岁你慎重对待你和臣民之间的契约，假如你不向他们提供应该提供的保护，也不授权他们秉公执法的权力，那你也不要指望臣民会对你表示臣服。那汉密尔顿明知故犯，还敢顶风作案，莫非是你在背后给他撑腰？”
听了这话，玛丽再也不想谈下去了，只能假笑两声：“朕怎么可能为汉密尔顿撑腰？诺牧师你又误会了。汉密尔顿的事，我们以后再谈。你请回吧。”
望着诺克斯远去的背影，玛丽恶狠狠地瞪了几眼，她知道，诺克斯的立场不会因为她的示好而软化，若要复辟天主教仍需从长计议。
既然女王的复辟野心已经昭然若揭，诺克斯此时也别无选择，只能抛弃幻想。他向苏格兰的贵族各界人士和平民百姓发出呼吁，强调“每个人在自己的岗位上都有责任宣讲真信仰，有义务纠正和制止国王一切有悖于上帝之言论和荣耀的行径。”他又说：“虽然我们必须服从我们的国王，不管他们是好是坏，因为上帝是这样命令的。但是，报复将是可怕的，他将降临到亵渎上帝圣名和法令的人的头上。如果有人说上帝已命令他们必须服从不虔诚的国王，这简直是在说上帝透过他的告诫成了一切罪过的制造者和维护者，这是对上帝的亵渎。”
两个月过去了，诺克斯突然听到了一则消息：玛丽女王正在试图再婚，连结婚对象都找好了。
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